Суть проблемы такова: вы обрезаете ролик до того отрезка, который нужен, выбираете вместо Режима полной обработки - Прямопотоковое копирование, чтобы оптимизировать объём выходного файла (нам же не надо, чтобы минутный ролик в не самом лучшем качестве весил 250Мб?).
В общем, выбираете, сохраняете, а в итоге получается ролик с лишними кадрами в начале секунд этак на несколько. В первый раз меня это чуть в ступор не ввело. В вырезанном фрагменте, скажем, реклама убрана, а в итоговом файле она снова откуда-то появляется. Чудеса...